Xenogears acompanha a aventura de Fei Fong Wong e vários outros em sua batalha por sobrevivência em um mundo ameaçado pela guerra entre as nações de Aveh e Kislev. Os princípios e filosofias de FriedrichNietzsche, SigmundFreud, CarlJung e JacquesLacan, bem como vários temas religiosos, influenciam fortemente o enredo e o mundo de Xenogears. Um dos temas principais do jogo é a natureza da memória humana: desde o início do jogo, Fei sofre de perda da memória, que ilustra suas interações com outros personagens. Além do conceito de memória, o conflito entre homem e máquina também é central ao enredo do jogo. Os personagens controláveis podem manusear robôs gigantes conhecidos como Gears e utilizá-los em batalha.
